高中生結城理（石田彰 飾）自幼父母雙亡，在過去的十年里他一直寄宿在郊外的親戚家。這一天他返回而是居住的地方，轉學進入當地的學校——私立月光館學園高中部。某天，結城意外遭到神秘怪物的襲擊。傳說一天和一天之間隱藏著鮮為人知的“影子時間”，而怪物就是棲息在影子時間內的Shadow。由于受到攻擊，結城體內足以和Shadow對抗的能力Persona突然蘇醒。在此之后，他被介紹加入了云集著許多擁有Persona能力持有者的特別課外活動部。這群懷著各種各樣想法的年輕人堅持不懈追尋著影子時間的真相，而等待他們的卻是令人難以想象的殘酷命運！