每四年一屆的體育界最大盛事——世界體育大會（世體會，WSG）即將在日本東京舉行，屆時時速達到驚人的1000公里的真空超導磁懸浮列車也將與世人見面。在世體會贊助商壯行會上，主辦方宣布除了贊助方和嘉賓外，還將通過抽簽的方式選出該列車首批榮幸之至的乘客。得到消息后，少年偵探團的各位躍躍欲試，殊不知意想不到的是突然發生。在壯行會上，許多高層領導接連遭到綁架。 危急關頭，柯南與赤井秀一先后投入了與幕后真兇爭分奪秒的抗爭之中……