かつて、突如として現れた正體不明の敵?アンノウン。 「超進化鉄道開発機構」通稱「ERDA（エルダ）」は、 対抗手段として新幹線が変形するロボット「シンカリオン」を開発し、脅威に備えていた。 「何かを守れる、カッコイイ人に…僕は…」 中學２年生の大成タイセイは、2年前に失蹤した姉の手がかりを求めて、進開學園中等部に転入する。 その矢先、10年ぶりにアンノウンが出現。偶然にもタイセイがシンカリオン運転士として 高い適性値を持つことが判明し、闘う決斷を迫られることとなる。 アンノウンの正體、そして目的は何なのか…。闘いの末に見えてきた真実とは…。 少年たちの決意と成長の物語が、今、始まる―。